Ende der 1980er Jahre gab es auf dem Arbeitsmarkt nur wenige Fachkräfte für den Bereich der Behindertenhilfe. Deshalb beschlossen die Franziskanerinnen von Schönbrunn als damalige Trägerin des Franziskuswerks Schönbrunn, die Aus-, Fort- und Weiterbildung ihrer Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter selbst in die Hand zu nehmen. Auf dem Gelände des landwirtschaftlichen Betriebes in Gut Häusern entstand die Akademie Schönbrunn.
1991/92 startete die Akademie Schönbrunn mit der Fachschule für Heilerziehungspflege und dem Institut für Fortbildung. 1996/97 wurde die Fachschule für Altenpflege eröffnet. Den beiden Fachschulen folgte 2000/2001 ein Weiterbildungsangebot mit der Fachakademie für Heilpädagogik.
Im Jahr 2003/2004 reagierte die Akademie Schönbrunn auf den steigenden Mangel an Pflegefachkräften im Landkreis Dachau und auf die Tatsache, dass immer mehr damalige Hauptschulabgänger*innen keinen Ausbildungsplatz fanden. Mit dem Start der Berufsfachschule für Sozialpflege (generalisierte Pflegeausbildung) schuf die Akademie eine Ausbildungsmöglichkeit für Hauptschüler*innen.
Drei Jahre später, 2006/2007, wurde mit der Berufsfachschule für Ergotherapie die vierte berufliche Schule eröffnet.
In 2018 wurde der Akademie-Bereich von “Bildung und Beratung” (ehemals Institut für Fortbildung) der Personalabteilung des Franziskuswerks Schönbrunn zugeordnet und das Tagungshaus mit dem angeschlossenen Gästehaus geschlossen .
Heute umfasst die Akademie Schönbrunn mit ihren beruflichen Schulen und der Fachakademie breit gefächerte Möglichkeiten, sich ausbilden zu lassen und sich zu qualifizieren.